LN(Little Navmap)で作ったMSFSプランののTOD編集,これは難しい課題ですね。
最新版のLN2.6.7でも発生するのでしょうか?
私もLN(Little Navmap)β版でつくったプランの読み込み時には,TODの不整合には悩まされていました。
いまのところ私のFS環境で旅客機などのLNAVやVNAVをまともに使えるのは,Flight commander10の使えるFSXとFS9だけなので,ATCを使う旅客機のIFRはFSXを使っています。
私は,X-Plane11やMSFSではセスナかIconA5かCubくらいしか使わないので,LNはコース設定だけを使うようにしてオーパイではなく自分で高度調整して飛行しています。
あとFlight shareでプランを作ってオーパイをFlight shareに任せれば,LNAV・VNAVともにつかえる可能性があります。
MSFSでのTOD編集については,LN関連のフォーラムから情報を探す必要がありそうです。